D. Sebastião (Lisboa, 20 de janeiro de 1554 – 4 de agosto de 1578, Alcácer Quibir ), foi Rei de Portugal e dos Algarves de 1557 até sua morte. Era o único filho legítimo de João Manuel, Príncipe Herdeiro de Portugal, e de sua esposa, filha do Imperador Carlos V, Joana da Áustria.
O pai de D. Sebastião, D. João Manuel, de constituição frágil, morreu a 2 de janeiro de 1554 com 16 anos, deixando todo o reino em sobressalto, pois Sebastião ainda estava no ventre da sua mãe. D. João Manuel foi o único filho sobrevivente dos nove que João III havia tido, e a sucessão do reino passou a depender do sucesso do parto.
A dinastia de Avis, após anos de Endogamia, acabaria por resultar na morte prematura ou na debilidade física e mental dos seus descendentes, devido à carga genética pesada da elevada consaguinidade.
O problema que ocorria em Portugal não era a falta de herdeiros, mas por causa do contrato de casamento de D. Maria Manuela, irmã do príncipe defunto, com Filipe II de Espanha, pelo qual, caso não houvesse sucessores, o reino passaria ao filho desta união, Carlos, ocorrendo a união com Castela, que os portugueses sempre temeram.
Na manhã do sábado, dia 20 de janeiro de 1554, nasceu o príncipe, e foi dada a notícia do nascimento, recebida com orações de agradecimento a Deus. Em virtude de ser um herdeiro tão esperado para dar continuidade à Dinastia de Avis, ficou conhecido como O Desejado; alternativamente, é também memorado como "O Encoberto" ou "O Adormecido", devido à lenda que se refere ao seu regresso numa manhã de nevoeiro, para salvar a nação.
Ascendeu ao trono aos três anos de idade, após a morte de seu avô, o rei João III, sendo instaurada uma regência durante a sua menoridade, primeiro por sua avó, a rainha Catarina e, depois, por seu tio-avô, o cardeal Henrique. Foi o primeiro e último Grão-Mestre da Ordem de Cristo a herdar o título perpetuamente, segundo a Bula Proclara Claerissima de 1551, dada a seu avô D. João III, três anos antes do seu nascimento.
D. Sebastião assumiu o governo aos catorze anos de idade, no ano de 1568, manifestando grande fervor religioso e militar.
Contrariando todos os conselhos e avisos de precaução, quer de sua avó , quer do seu tio Filipe II, o jovem rei decidiu apoiar o príncipe mouro Abdu Abdallah Mohammed al-Mutawakkil, conhecido nas crónicas portuguesas como Mulei Maomé ou " O Negro" na batalha de Alcácer Quibir, morrendo sem deixar qualquer descendente:
De acordo com testemunhos houve uma falta de vontade de El.Rei em contrair matrimónio ou sequer estabelecer relações de intimidade. Último da dinastia de Avis, herdando uma genética problemática que não garantia que D. Sebastião pudesse efetivamente ter saúde para deixar um descendente.
No dia 5 de agosto de 1578, o seu cadáver foi encontrado despido e abandonado perto do rio Lucus ( Mocassim) e identificado por nobres fidalgos portugueses cativos, e pelo corregedor da corte Belchior Amaral que, certificou o óbito e enterrou o corpo em casa do Alcaide, de onde mais tarde seria transladado para Ceuta e, posteriormente, para o Mosteiro dos Jerónimos. A notícia da morte do rei só chegaria a Lisboa 20 dias mais tarde. A ansiedade de perder a independência levou o povo, e homens eruditos a desenvolver uma incerteza acerca da identidade dos restos mortais chegados a Lisboa: esta incerteza, alimentada nos anos seguintes por diversos rumores ( sem qualquer prova documentada) em relação à morte de D. Sebastião, deram origem ao mito Sebastianista.
A derrota na Batalha de Alcácer-Quibir em 1578, também conhecida como A Batalha dos Três Reis, revelou-se um tremendo desastre político para Portugal.
Com dois anos de idade, seu avô, o rei, enfermo, chamou-o à sua presença, para brincar. Quando o rei pediu água, trouxeram dois copos, um, fechado, para o rei e outro aberto para D. Sebastião. Vendo isto, o menino começou a chorar, querendo um copo como o do avô, que comentou "Cedo quereis reinar". No ano seguinte, a 11 de junho de 1557, morre D. João III. e D. Sebastião tornou-se Rei com três anos, quatro meses e vinte e dois dias de idade.
Durante a sua menoridade, a regência foi assegurada primeiro pela sua avó, a rainha D. Catarina, viúva de D. João III, e depois pelo tio-avô, o cardeal D. Henrique, (23 de dezembro de 1562-1568). Neste período, depois da aquisição de Macau no ano de 1557 e Damão em 1559, a expansão colonial foi interrompida. A premência era a conjugação de esforços para preservar, fortalecer e defender os territórios conquistados.
Durante a regência de D. Catarina e do cardeal D. Henrique e o curto reinado de D. Sebastião, a Igreja continuou a sua ascensão ao poder. A actividade legislativa centrou-se em assuntos do foro religioso, como, por exemplo, a consolidação da Inquisição e sua expansão até à Índia, a criação de novos bispados na metrópole e nas colónias. A única realização cultural importante foi o estabelecimento de uma nova universidade em Évora — e também aqui a influência religiosa na corte se fez sentir, pois foi entregue aos Jesuítas.
Investiu-se muito na defesa militar dos territórios. Na rota para o Brasil e a Índia, os ataques dos piratas eram constantes e os muçulmanos ameaçavam as possessões em Marrocos, atacando, por exemplo, Mazagão em 1562. Procurou-se assim proteger a marinha mercante e construir ou restaurar fortalezas ao longo do litoral.
Em 1567, autorizou a fundação da cidade de São Sebastião do Rio de Janeiro, batizada em sua homenagem (atual cidade do Rio). Em 1573, fez desta mesma cidade capital da Repartição Sul da América Portuguesa.
Os bastiões no Norte de África, pouco interessantes em termos comerciais e estratégicos, eram autênticos sorvedouros de dinheiro, sendo necessário importar quase tudo, além de que, sujeitos a constantes ataques, custavam muito em armamento e homens. Assim, Filipe II, em 1589, viria prudentemente a devolver aos mouros Arzila, oferecida a D. Sebastião em 1577 por Mulei Maomé.
De facto, a preservação das praças em Marrocos devia-se sobretudo à questão de prestígio e tradição. O jovem rei cresceu educado por Jesuítas e tornou-se num adolescente de grande fervor religioso, embora a sua falta de experiência militar e política viesse a conduzir o exército português ao desastre de Alcácer-Quibir e à própria morte ou desaparecimento do rei.